Il territorio comunale è esteso sull'isola omonima e la vicina isola minore di Santo Stefano, entrambe appartenenti all'arcipelago delle isole Ponziane, nel Mar Tirreno. Con una superficie di 1,54 km2 è il comune per dimensioni più piccolo dell'Italia centrale. L'isola è caratterizzata da conformazioni tufacee. L'isola è dotata di due porti, uno di origine romana (dove si trova un vicino murenaio), poi successivamente ammodernato durante il periodo borbonico, e un altro moderno con un'ampia darsena situato nella zona detta "Cala Rossano". Mentre il Porto Romano è dedicato prevalentemente a piccoli pescherecci e imbarcazioni private di dimensioni medio-piccole, il Porto Nuovo può ospitare imbarcazioni anche molto grandi ed è l'approdo dei traghetti, degli aliscafi e di altre imbarcazioni di trasporto commerciale e passeggeri dalla terra ferma. Tra le peculiarità dell'isola, la recente realizzazione dell'elisuperficie che consente agli elicotteri di soccorso (118, protezione civile, forze dell'ordine) di intervenire evitando i disagi dell'insularità e realizzando la continuità territoriale a fini di sicurezza e tutela della salute. Anche il turismo è avvantaggiato dalle potenzialità commerciali di questa infrastruttura che ne amplia l'offerta in direzione di un'utenza più esigente distribuita non solo nel periodo estivo.