Il territorio comunale è dislocato sul confine tra Lazio ed Umbria si trova ai confini con la provincia di Terni e la provincia di Viterbo. Il centro abitato sorge a 222 metri di altitudine su una collina che domina la Valle del Tevere. Il territorio è caratterizzato da un andamento collinare che precede la catena preappeninica di Monti Sabini. Dal 1311 Vassallo del Campidoglio, i suoi cittadini hanno avuto la qualifica di cives romani fino al 1847. Di tale status resta traccia nei colori della bandiera, identici a quelli del Comune di Roma. Nel 1495 gli venne conferito il titolo di città da Papa Alessandro VI Borgia in coincidenza con l'acquisizione della sede della Diocesi Sabina. Il periodo era comunque prosperoso visto che la comunità viveva, oltre che grazie all'agricoltura, anche col porto sul Tevere, scomparso dopo i lavori per la costruzione di Ponte Felice voluto da Sisto V. Dopo il Concilio di Trento è stato istituito a Magliano Sabina il terzo seminario italiano, che poi ebbe - nell'Ottocento - tra i suoi rettori san Giovanni Bosco.