Il comune è decorato con la medaglia d'argento al Merito Civile per le azioni della popolazione durante la Seconda Guerra Mondiale. Il nome di S. Elia è menzionato per la prima volta nel “Chronicon Casinense” all’epoca delle devastazioni saracene (859 e 866). In epoca romana era compreso nel territorio di Casinum, come documentano le superstiti iscrizioni. La storia del paese si lega strettamente a quella del vicino Monastero benedettino di Montecassino. Infatti fu fondata, su una collinetta alla sinistra del corso del fiume Rapido, dall’abate Mansone di Montecassino attorno all'anno 995 e prese il nome da una piccola chiesa dedicata al Santo Profeta, esistente all'epoca di poco più a valle del nuovo paese, proprio nei pressi del fiume, dove ancora oggi è possibile ammirare la parte superiore di un ponte romano detto di Sant'Elia Vecchio. La chiesetta, fondata nell'VIII secolo, ebbe a subire, assieme al villaggio che gli era attorno, devastazioni e distruzioni durante le scorrerie saracene dell'859 e dell'866. Ricostruita sul finire del X secolo, fu defenitivamente distrutta durante la guerra fra aragonesi e francesi, nel corso del XV secolo, per il possesso del Regno di Napoli. Sul suo territorio sono stati rinvenuti reperti archeologici di epoca pre-romana e romana: mura poligonali del IV o III secolo a.C., resti di due ponti romani, lunghi e ben conservati tratti di un acquedotto romano di epoca claudia (I secolo d.C.), resti di colonne e frontoni di ville ed edifici sacri romani, epigrafi latine. Ben conservato è il centro storico di Sant'Elia, attraversato in tutta la sua lunghezza da via Angelo Santilli da cui si diramano, verso l'alto, dedali di vicoli e porticati che aggirano alle spalle la duecentesca Chiesa Madre di Santa Maria la Nova.